Hallo,
sehr wahrscheinlich hast Du für beide FF das gleiche Profil benutzt.
Wenn Du FF3 im Profilmodus startest, dort ein neues Profil anlegst, dann in diesem Profil Deine Erweiterungen installierst (sofern kompatibel mit FF 3), sollte es doch funktionieren.
Dann kannst Du noch gespeicherte Kennwörter ins neue Profil übernehmen (signons2.txt wird zu signons3.txt).
Die Lesezeichen (bookmarks.html aus FF2) lassen sich i.d.R. ohne Probleme im FF 3 über Lesezeichenverwaltung->Importieren reinbekommen.